La Bandera de la municipalidad de Guaynabo consiste de un paño divido verticalmente en dos partes iguales por una línea endentada o almenada. La parte que está al lado del asta es verde y la otra es blanca. En esta última parte hay seis almenas verdes y cinco blancas contrapuestas. Sobre la parte verde figura la misma cruz flordelisada y gironada del escudo, que en este caso es blanca y negra.
Fue aprobado oficialmente el 11 de julio de 1972. Tiene un fondo verde. En su mitad superior hay una cruz flordelisada que está dividida por una línea vertical, otra horizontal y dos diagonales, entre las que figuran alterados los colores plata y negro. En la parte inferior de escudo, está el diseño de una casa fuerte con sus muros coronados de almenas. La casa fuerte lleva sobre la puerta un escudo de pequeñas dimensiones con el dibujo de un león levantado sobre sus patas traseras. El color del león es púrpura. La insignia que se ha colocado sobre el escudo de armas es una corona formada por murallas y torres.
La cruz flordelisada, que es la insignia de la Orden de los Predicadores de Santo Domingo, representa a San Pedro Mártir de Verona, figura ilustre de dicha orden y patrón del pueblo de Guaynabo.
La casa fuerte simboliza al pueblo de Caparra, antigua capital de Puerto Rico, cuyas ruinas se conservan como tesoro histórico en territorio de la actual municipalidad de Guaynabo. Representa la casa residencial del conquistador Juan Ponce de León, que además de servir de morada al primer Gobernador de Puerto Rico y a su familia, sirvió de sede a nuestro más antiguo cabildo municipal. También fue la primera fortaleza de la Isla.
El escudo que lleva sobre la puerta es el blasón de los Ponce de León. Se ha escogido los colores verde y plata como los principales del escudo, porque son los colores heráldicos más antiguos de Guaynabo.
