La bandera de Isabela deriva su diseño, colores y simbolismo de los del escudo. Consistirá de tres franjas horizontales de igual anchura, amarillas las de los extremos y verde la de su medio y en el centro podrá llevar superpuesto el escudo de la población, y las dimensiones de la bandera serán las usuales en Puerto Rico.
El escudo de Isabela está dividido en tres franjas horizontales del mismo tamaño. Amarillo: Las franjas de los extremos son amarillas y simbolizan a los indios taínos que habitaron Isabela. Se caracterizaron por el uso del oro para hacer adornos lo cual está significado por el esmalte oro (amarillo) del campo del escudo. Verde: La franja del centro es verde y simboliza los primeros habitantes conocidos de Isabela, los indios arcaicos y los igneris. Estos últimos probablemente fueron los primeros agricultores de la Isla, lo cual es representado por el color verde. La campana: Está colocada entre dos matas de tuna y es símbolo de la ermita, hoy en ruinas, del poblado original de San Antonio de la Tuna. Los gallos: Representan a los gallos de pelea de Isabela, alabados por su valor y destreza en el combate. El caballo: Representa al caballo de paso fino de Isabela, caracterizado por su inigualable gracia y gallardía en el andar. La corona mural: Representa el espíritu de unión entre los habitantes de un mismo pueblo.
