La Bandera de Santa Isabel se describe así:
Paño de las proporciones usuales, dividido horizontalmente en tres franjas del mismo ancho: blanca la superior, amarilla la central y roja la inferior, con el ornamento de los tallos de caña de azúcar o sin ellos.
Los esmaltes o colores del escudo y las figuras que lleva, aluden al nombre del pueblo a la fecha de su fundación, a su Santo Patrono y a las supremas autoridades, bajo cuyo gobierno se estableció el Municipio de Santa Isabel. Santa Isabel está simbolizada por la I latina y su corona de tipo medieval. Los esmaltes plata y rojo, que son los antiguos colores de Hungría, representan la pureza y la caridad; virtudes que más resplandecieron en la insigne princesa, Duquesa de Turingia, por su matrimonio y ejemplo de soberana. El Apóstol Santiago está simbolizado por las veneras, denominadas también en la heráldica con los nombres cristianos de conchas de Santiago o conchas de Peregrino, debido a que fueron emblema de romeros, peregrinaciones y santuarios en la Edad Media. En España, llegaron a identificarse tanto con las famosas peregrinaciones a Compostela, que vinieron a convertiste en insignia de dicho Apóstol. Las conchas recuerdan, además, que el territorio de Santa Isabel es rico en yacimientos arqueológicos de los indios taínos, habitantes precolombinos de Puerto Rico. Estos yacimientos, generalmente, son denominados concheros, debido a la abundancia de conchas y caracoles que en los mismos se hallan. Recuerden, además, que en el mar que baña el litoral de Santa Isabel, antiguamente se pescaban en abundancia conchas de las llamadas perlas. Los esmaltes oro y rojo del escudo y de la corona mural, representan los orígenes españoles de los fundadores de Santa Isabel, y que el pueblo dependía de la Villa de San Blás de Coamo, cuyo Escudo de Armas tiene como colores dominantes el oro y el rojo. La corona mural es el timbre propio de los pueblos y municipios. Los tallos de la caña de azúcar que rodean el escudo, aluden al principal producto agrícola de Santa Isabel y a elementos característicos de su paisaje.