La Bandera de Toa Baja fue diseñada en el 1980. Sus colores en oro y verde, con llaves en oro y plata. La faja verde, representa las llanuras del Toa; y el color oro, representa el sol que baña nuestras llanuras. Las Ilaves cruzadas en aspas, simbolizan a San Pedro Apóstol, patrón del pueblo de Toa Baja. En forma parecida figuran, al relieve, en el frontal de plata (altar mayor) de la Iglesia Parroquial de Toa Baja, San Pedro Apóstol.
La fraja ondeada representa al Río Toa, uno de los primeros mencionados en los anales de Puerto Rico, y en cuyas riberas intentó Juan Ponce de León establecer la primera población de Puerto Rico. La definición de estos símbolos son: Las llaves, cruzadas en aspa, simbolizan a San Pedro Apóstol, patrón del pueblo. En forma parecida figuran, al relieve, en el frontal de plata de la Iglesia Parroquial San Pedro Apóstol, de Toa Baja. La F y la J, coronadas, representan a Don Fernando II de Aragón y V de Castilla, y a su hija, Doña Juana, soberana de Castilla y León, a quienes se refiere el apelativo de Reyes Católicos, en la denominación Granja de los Reyes Católicos, con que se ha conocido históricamente la estancia, dedicada al cultivo y aclimatación de productos agrícolas, establecida junto al Toa por los colonizadores en tiempos de estos monarcas y a raíz de la conquista de Puerto Rico. El título de Reyes Católicos, concedido a Don Fernando y a su esposa, Doña Isabel, por el Papa Julio II, en el 1494 (diez años antes de la muerte de aquélla), fue usado por todos sus sucesores en el trono de España. Los manojos de yuca aluden a uno de los principales cultivos de dicha granja, y constituyen un símbolo de los indios que en ella trabajaron, y cuyo principal alimento era el casabe o pan de yuca. La corona mural es la tradicional insignia municipal con que se timbra a los escudos de pueblos, villas y ciudades. Los tallos de caña de azúcar aluden al cultivo e industria, que representó la principal fuente de riqueza de Toa Baja; riqueza representada por el oro del campo del escudo.
