La bandera de Vega Alta se inspira en el diseño del escudo municipal y deriva su simbolismo y sus colores del mismo con la excepción de que en ella, el color plateado se viene a convertir en blanco. Se divide vertical mente en siete (7) franjas en el orden, colores y proporciones que a continuación se describen: primera (la inmediata al asta), blanca (5 módulos); segunda: verde (5 módulos); tercera: blanca (9 módulos); sexta: verde, (5 módulos); y séptima: blanca (5 módulos). Es preciso indicar que también sus colores tienen un significado muy especial, como lo es el azul, en honor a su Santa Patrona la Inmaculada Concepción de María. El verde, por su parte, en honor al inolvidable Don Francisco de los Olivos, representado específicamente por las hojas de olivo que aparecían en el escudo. El blanco nos indica la pureza de la Santa Patrona.
El escudo de Vega Alta fue diseñado por el Lcdo. Roberto Biascochea Lota, de la Oficina de Asuntos Culturales de San Juan, Puerto Rico. Consta de tres barras, la del centro formada por una ánfora de plata de la cual sobresale un ramo de azucenas al natural; la misma simboliza la Patrona Inmaculada Concepción de María. Los colores plata y azur son típicos de la imagen de dicha advocación. En las franjas laterales se presentan dos ramas de olivo, símbolo del fundador del pueblo; Don Francisco de los Olivos. La corona, indica categoría de pueblo por tener tres. Se distingue así de otros pueblos que al 4 castillos en su corona se definen como villas; los de cinco como ciudades. En el escudo, aparecen dos ramas de caña de azúcar, pues dicho producto se cultivaba en esa región; además de añadir belleza, significa que la caña fue fuente de empleo y base de la economía de Vega Alta.
